Tugas Memberi Komentar Terhadap Jurnal

Isi :

                Jurnal yang berjudul Simulation of DNA Bases in water:Compaison of the Monte Carlo Algoritm with Molecular Mechanics Force Field membahas tentang interaksi antara asam nukleat dan bahan pelarut molekul yang memiliki suatu efek penting dalam berbagai proses biokimia. Metode yang digunakan adalah Simulasi Monte Carlo untuk menghitung total energi dan energi bebas salvation DNA basis di dalam air. Metode Monte Carlo (MC) adalah algoritma komputasi untuk mensimulasikan berbagai perilaku sistem fisika dan matematika. Dalam suatu simulasi MC, masing-masing konfigurasi pada sistem mungkin dihasilkan melalui pergerakan secara acak suatu atom atau molekul tunggal. Energi dari konfigurasi yang baru dihasilkan selanjutnya dihitung dengan menggunakan fungsi energi potensial. Eksperimen pengambilan sampel ini akan melibatkan pembuatan bilangan acak yang diikuti dengan operasi aritmatika dan logika bilangan terbatas. Pekerjaan ini dapat dilakukan dengan baik oleh komputer dan metode ini dapat dikembangkan sesuai dengan kecepatan perkembangan computer. Metode MC ini menggunakan model Transferable Intermolecular Potential (TIP3) untuk molekul air dan Optimized Potential for Liquid Simulations (OPLS) untuk adenine, guanine, cytosine, and thymine. Selain Metode MC juga dihitung dengan metode CHRAMM pada kondisi yang sama. Dan hasil kedua metode tersebut dibandingkan

                 Hasil yang didapatkan dalam jurnal ini dalah guanine paling stabil mendasarkan air,. Adenine mempunyai nilai minimum salvation energi bebas dan guanine mempunyai nilai maksimum salvation energi bebas. Disamping itu juga menunjukan bahwa N7 dan N6 di dalam adenine dan guanine, N3 di cytosine dan N3 dan O4 di dalam tymin adalah lokasi yang paling aktif untuk interaksi basis ini dengan hydrogen air. Hasil ini menentukan lokasi hydrogen yang terbaik yang mengikat antara DNA basis yang kompatibel dengan model Watson-Crick

Kelebihan :

• Secara keseluruhan jurnal ini sudah mencakup struktur artikel jurnal yaitu Informasi bibliografi, abstrak, pendahuluan, bagian percobaan, hasil dan diskusi, kesimpulan, pustaka
  

• Abstraknya sudah cukup jelas dengan menjelaskan kondisi yang sama pada metode Monte Carlo dan CHARMM yaitu Adenine mempunyai nilai minimum salvation energi bebas dan guanine mempunyai nilai maksimum salvation energi bebas
  

• Metode penelitian yang digunakan adalah Monte Carlo dan CHARMM sehingga dapat mununjukan persamaan dan perbedaan yang dihasilkan.
  

• Dengan mempelajari lebih dalam jurnal ini maka kita akan mempelajari kimia komputasi dimana tujuan utamanya adalah membuat program komputer yang efisien untuk menghitung sifat-sifat molekul seperti energi total, maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein dan asam nukleat, atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, dan padatan), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.
  

• Dengan menggunakan Metode MC lebih dilakukan dengan baik oleh komputer dan metode ini dapat dikembangkan sesuai dengan kecepatan perkembangan komputer
  

Kekurangan :

• Masih terdapat kesalahan simulasi antara 2-4% dengan menggunakan metode Monte Carlo
  

• Terdapat perbedaan hasil energi yang dibebaskan baik dengan metode CHARMM maupun Monte Carlo
  

• Tidak sarankan mana yang lebih baik antara metode MC atau CHARMM